Parece que el topónimo o nombre del lugar de Hontoria provenga de la aglutinación del sustantivo latino “fons.foutis” mas el adjetivo “Áurea” en sentido de dorada, esto es, frente de aguas amarillas-rojizas o “lugar de la fuente dorada”. Así en un documento de la catedral de Burgos de 1070 se la cita como “Fuente Áurea” y en otro del año 1352 se la denomina como Hontoria cerca de Tariego.
Contó en su día en sus alrededores Hontoria con otros lugares cercanos ya despoblados: Santos Coloma, El Rebollar y Fuentes Cárcel.
Cerca de este despoblado del convento medieval de Santa Coloma se localizó en 1975 una villa romana con diversos mosaicos fechados en el bajo imperio de entre los siglos IV y V y poco después se descubrió una necrópolis bajo-medieval.
Tal villa sería arrasada en el siglo V para los bárbaros del norte, siendo asimismo asolada esta zona en el siglo XIII por los invasores árabes para ser repoblada la zona a finales del siglo IX por Alfonso III el Magno.
A finales del siglo XIII fue lugar de la reina Doña Violante y siendo merindad del Cerrato en el siglo XIV, luego fue lugar solariego de Díaz Cabeza de Vara, Santa Coloma era aldea abadenga de San Isidro de Dueñas y Rebollar era lugar señorial del abad de Valladolid.
En los primeros años del siglo XVIII aún permanecían en pie en término de Hontoria las ermitas de la Vera Cruz, Santa María, San Bartolomé y San Quince y a mediados de ese siglo era Hontoria villa de señorío y contaba con 63 vecinos.
En 1826 Hontoria disponía de 78 vecinos y en 1877 con 69.
