Hontoria de Cerrato se encuentra al sur de la provincia de Palencia, en la unidad territorial de los valles del Cerrato. Concretamente Hontoria se encuentra en el valle del Arroyo Madre, a poca distancia de su desembocadura en el río Pisuerga, al Noroeste del núcleo. Precisamente este valle en dirección Este-oeste es aprovechado por la única carretera que comunica el pueblo, la que proveniente de Valle de Cerrato, salta el páramo, atraviesa Hontoria y se dirige hacia Venta de Baños tras bordear el espigón del páramo de Tariego y cruzar el Pisuerga.